- ศูนย์บริหารและพัฒนาทรัพยากรบุคคล (ศบพ.)
- กลุ่มตรวจสอบภายใน (ตสน.)
- สำนักงานเลขานุการกรม (สล.)
- กองกฎหมาย (กม.)
- กองบริการงานอนุญาตโรงงาน 1 (กร. 1)
- กองบริการงานอนุญาตโรงงาน 2 (กร. 2)
- กองบริหารจัดการกากอุตสาหกรรม (กกอ.)
- กองบริหารจัดการวัตถุอันตราย (กวอ.)
- กองพัฒนาระบบมาตรฐานงานกำกับโรงงาน (กมร.)
- กองพัฒนาอุตสาหกรรมเชิงนิเวศ (กอน.)
- กองยุทธศาสตร์และแผนงาน (กย.)
- กองวิจัยและเตือนภัยมลพิษโรงงาน (กวภ.)
- กองส่งเสริมเทคโนโลยีการผลิตและพื้นที่อุตสาหกรรม (กทพ.)
- กองส่งเสริมเทคโนโลยีความปลอดภัยโรงงาน (กปภ.)
- กองส่งเสริมเทคโนโลยีสิ่งแวดล้อมโรงงาน (กทส.)
- ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร (ศส.)
- สำนักงานทะเบียนเครื่องจักรกลาง (สจก.)